Ciąg dalszy przygód czterech niezwykłych żółwi z Nowego Jorku: Leonarda, Raphaela, Michelangela i Donatella. Wszyscy są mistrzami sztuki walki ninjutsu, a swoje umiejętności wykorzystują, by stawiać czoło złoczyńcom. Po kolejnych akcjach uświadamiają sobie, po co tak naprawdę istnieją. Odkrycie własnego przeznaczenia ma dla nich poważne konsekwencje.Wojownicy są przekonani, że powinni raz na zawsze rozprawić się ze Shredderem.