Kontynuacja remake'u kultowego serialu z lat 80. XX w. Choć nowy MacGyver, w tej roli znany z "X-Mena" Lucas Till, jest młodszy od pierwowzoru, to jednak wciąż dzięki swym konstruktorskim zdolnościom ratuje świat przed zagładą. Działając na zlecenie Fundacji Fenix, korzysta ze wsparcia niezawodnych współpracowników: Jacka Daltona (George Eads), Nikki Carpenter (Tracy Spiridakos) i Riley Davis (Tristin Mays). W drugiej serii serialu spieszy z pomocą m.in. sekretarzowi obrony USA, jednocześnie wciąż tropiąc nieuchwytnego dotąd Murdoca.Bozer opuszcza szpital. Tymczasem Angus i Jack wracają z bezowocnych poszukiwań zbiegłego Murdoca i ojca Maca. Jedynym śladem jaki odnaleźli, jest zegarek krewnego agenta. Wkrótce do Fundacji Fenix przybywa funkcjonariuszka CIA, Samantha Cage. Kobieta prosi o wsparcie w tajnej misji uwolnienia uprowadzonego przed dwoma laty oficera elitarnej jednostki SEAL. Choć akcja zostaje zwieńczona sukcesem, Cage traci pracę za złamanie przepisów. Matty postanawia wcielić ją w szeregi swej organizacji.