Serial opowiada o grupie bohaterów, którzy badają tajemnice Atlantydy i jednocześnie zmagają się z coraz to nowymi zagrożeniami. Na początku czwartej serii ekipa znajduje się w niezwykle trudnej sytuacji. Członkowie ekspedycji są ranni, a samo miasto straciło kontakt z Ziemią. Dryfuje teraz w przestrzeni kosmicznej.Pułkownik Carter wraz z McKayem i Keller udaje się na misję. Ich celem jest przekonanie mieszkańców zagrożonej trzęsieniami ziemi planety, aby zmienili miejsce zamieszkania. Jednak wyprawa przybiera tragiczny obrót, kiedy ekipa zostaje uwięziona w nieczynnej kopalni.