Serial opowiada o grupie bohaterów, którzy badają tajemnice Atlantydy i jednocześnie zmagają się z coraz to nowymi zagrożeniami. Na początku czwartej serii ekipa znajduje się w niezwykle trudnej sytuacji. Członkowie ekspedycji są ranni, a samo miasto straciło kontakt z Ziemią. Dryfuje teraz w przestrzeni kosmicznej.Pułkownik Carter zaprasza do Atlantis Teal'ca, aby ten pomógł Rononowi. Zostanie on poddany ocenie przez międzynarodowy komitet doradczy. Wojownicy dowiadują się jednak, że Widma przedostały się na stację Midway oraz na Ziemię.