Serial opowiada o grupie bohaterów, którzy badają tajemnice Atlantydy i jednocześnie zmagają się z coraz to nowymi zagrożeniami. Na początku czwartej serii ekipa znajduje się w niezwykle trudnej sytuacji. Członkowie ekspedycji są ranni, a samo miasto straciło kontakt z Ziemią. Dryfuje teraz w przestrzeni kosmicznej.Okazuje się, że doktor Carson Beckett żyje. Twierdzi on, że przez dwa lata był więźniem Michaela. Opowiada o badaniach, które prowadził w niewoli. Ekipa wykorzystuje udzielone przez niego informacje do uwolnienia Teyli, pojmanej przez Michaela.