Muzeum Jana Pawła II zostało powołane do istnienia 4 listopada 2009 r. dekretem ks. bpa sandomierskiego Krzysztofa Nitkiewicza. Podstawę kolekcji stanowią zbiory ks. prof. Wilhelma Gaja-Piotrowskiego, głównego pomysłodawcy Muzeum. Prace przy tworzeniu Muzeum powierzono parafii konkatedralnej, Kapitule Stalowowolskiej, Muzeum Diecezjalnemu w Sandomierzu we współpracy z Muzeum Regionalnym w Stalowej Woli. Aranżacja plastyczna jest dziełem warszawskiej projektantki Anny Skołożyńskiej-Cieciery.