Przed wiekami król Artur z pomocą Ganeidy rozprawił się z potężną i siejącą zniszczenie Nimue. Jej ciało zostało rozczłonkowane za pomocą Excalibura, a następnie ukryte w kilku różnych miejscach w Anglii. Monarcha miał nadzieję, że dzięki temu nigdy nie powróci ona do życia. Współcześnie Hellboy, obdarzony piekielnymi mocami wysłannik Biura Badań Paranormalnych i Obrony, wypełnia misję w Tijuanie w Meksyku, ale sprawy idą nie po jego myśli. Przypadkowo zabija zaginionego agenta Estebana Ruiza. Hellboy powraca w niesławie do bazy. Bruttenholm daje mu zadanie w Wielkiej Brytanii. Tymczasem złowrogiej czarownicy udaje się odrodzić i odzyskać dawną siłę. Zamierza doprowadzić do zagłady ludzkości i zawładnąć światem. Powstrzymać ją może Hellboy.